Teren miasta Suwałki pierwotnie porastała Puszcza Perstuńska. W wyniku stopniowego wylesiania terenu, szczególnie intensywnego w XIX wieku, nastąpiła zmiana składu gatunkowego flory i fauny. Biocenozy leśne zostały zastąpione agrocenozami i charakteryzują się składem gatunkowym typowym dla środowisk antropogenicznych.

Skromną pozostałością dawnej puszczy są w granicach miasta dwa kompleksy leśne: „Las Szwajcaria" i „Las Suwalski". Zgodnie z regionalizacją przyrodniczo-leśną lasy te leżą w Krainie Mazursko-Podlaskiej, charakteryzującej się licznym występowaniem świerka na wszystkich siedliskach.

Las Szwajcaria charakteryzuje się dominacją boru mieszanego świeżego oraz lasu mieszanego świeżego. Drzewostan stanowią przede wszystkim świerk i sosna, z domieszką dębu, modrzewia, brzozy, klonu, topoli, jesionu i lipy. Warstwę podszytu tworzą: świerk, brzoza, dąb, jarzębina, kruszyna, leszczyna, wiciokrzew suchodrzew i bez koralowy. W warstwie runa występują: malina, gwiazdnica, gajowiec, orlica, naparstnica, lilia złotogłów, borówka czarna, konwalia, przylaszczka, poziomka oraz trawy i mchy. W południowo-wschodniej części kompleksu leśnego znajdują się fragmenty olsu.

Las Suwalski stanowi północno-zachodni kraniec Puszczy Augustowskiej. Gatunkami dominującymi są sosna i świerk. Gatunkami towarzyszącymi są: dąb, brzoza, osika, wierzba oraz klon i lipa. W warstwie podszytu występują: wiciokrzew suchodrzew, bez czarny, jarzębina, śnieguliczka, leszczyna, wierzba i trzmielina. W runie dominują: malina, konwalijka, szczawik, malina, borówka, gwiazdnica, przylaszczka, orlica oraz poziomka i liczne trawy. Obydwa kompleksy leśne charakteryzują się liczną florą porostów.

Flora terenów peryferyjnych miasta Suwałki zawiera znaczną liczbę gatunków, które pierwotnie nie występowały na tym terenie, a obecnie stanowią stały element roślinności. Są to m.in.: chaber, fiołek polny, miotła zbożowa, mlecz i mniszek. Na miedzach, ugorach i przy drogach występują zbiorowiska roślinne z rodzimymi gatunkami, m.in.: żmijowcem, nostrzykiem, wrotyczem, bylicą piołunem i pięciornikiem. Na wydeptanych murawach występują, m.in.: rdest, pięciornik, babka zwyczajna i koniczyna biała. Na suchych wzgórzach rosną: lebiodka, kocanka, szałwia, dziurawiec.

W centrum miasta, na terenie zurbanizowanym, następuje zastępowanie zbiorowisk roślinnych charakteryzujących się dużą różnorodnością i trwałością, zbiorowiskami sztucznymi, prostszymi i mniej trwałymi. Dzieje się tak w wyniku oddziaływań antropogenicznych, m.in. kształtowania składu gatunkowego i przestrzennego roślin, zanieczyszczenia środowiska glebowego, płytkich wód gruntowych i powietrza. W centrum miasta obserwuje się duży udział powierzchni całkowicie pozbawionych roślin (drogi, chodniki, utwardzone place, budynki). Pozostałą przestrzeń w różnym stopniu wypełnia szata roślinna w postaci: roślinności spontanicznej oraz tak zwanej zieleni urządzonej. Skład gatunkowy i kompozycja zieleni urządzonej jest uzależniona od człowieka. W skład zieleni urządzonej parków, zieleńców, ogrodów i trawników wchodzą gatunki drzew, krzewów i roślin zielnych zwykle miejscowego pochodzenia (np. klon, brzoza, topola, jarząb, lipa, wierzba). We florze Suwałk, podobnie jak w innych miastach, coraz większy udział zyskują gatunki obce nie tylko dla zespołu gatunkowego roślin Pojezierza Suwalskiego (np. modrzew europejski), ale również dla flory Polski (np. południowoeuropejski kasztanowiec zwyczajny, północnoamerykański świerk, środkowo-azjatycki żywotnik i in.).

Na obrzeżach miasta, na terenach ekstensywnie użytkowanych oraz w niektórych ogródkach przydomowych napotkać można rośliny obcego pochodzenia, charakteryzujące się dużą ekspansywnością. Należą do nich w szczególności kolczurka klapowana, rdestowce, nawłocie: kanadyjska i późna oraz barszcz Sosnowskiego. Wszystkie one są czynnikiem zagrożenia dla rodzimych gatunków i zespołów roślinnych.

Na powierzchniach zagospodarowanych zielenią urządzoną, a przede wszystkim na terenach pozostających poza planowym kształtowaniem zieleni, rozwija się spontaniczna szata roślinna, często o charakterze ruderalnym.

Flora środowisk wodnych Suwałk jest stosunkowo uboga. Brzegi Czarnej Hańczy porośnięte są manną mielec, której towarzyszy kosmopolityczna rzęsa. W nurcie często rośnie przetacznik. Na odcinkach o wolniejszym prądzie pojawia się moczarka kanadyjska.

W strefie przybrzeżnej zalewu „Arkadia" występują rośliny wodne tworzące na pewnych odcinkach wąski pas szuwaru. Spotykamy w nim takie gatunki roślin jak: oczeret, manna mielec, trzcina i jeżogłówka.